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苹果短信删除了还在可能有以下几种原因。
1、可能使用了iTunes或其他软件同步设备时，之前的短信数据同步到了手机中，这会导致即使删除了短信，仍然会显示出来。
2、有可能是系统卡顿或系统错误导致的短信删除后仍然显示，此时可以尝试重启手机或者更新系统来解决这个问题。
3、在某些情况下，短信可能被移至其他文件夹或者隐藏在了某个位置，而非彻底删除，此时需要仔细查找或搜索整个手机以确认是否真正删除了短信。
如果以上原因都排除了，但问题仍然存在，建议联系苹果官方客服寻求帮助，为了避免误操作或数据丢失，定期备份手机数据也是一个好习惯。